Kojima llamó a 2001: A Space Odyssey su película favorita número uno…

De adolescente, Kojima usaba los años de la ciencia ficción —1984, 1997 y finalmente 2001— como hitos de futuro que la realidad convertía en pasado. Al llegar 2001 descubrió que la película seguía perteneciendo al futuro y afirmó que su reloj interno permanecería detenido allí hasta que el mundo alcanzara su perfección y los creadores lograran superarla; para él, el filme era el monolito colocado en el camino por un dios llamado Kubrick.

Aunque era su mayor fan, Kojima se negó durante años a comprar 2001 en VHS, LaserDisc o DVD: pensaba que una obra de escala gigantesca no debía pausarse, adelantarse o rebobinarse según su conveniencia. Cedió ante una edición especial de dos discos, vio el documental y escuchó el comentario, y se arrepintió al recibir explicaciones e interpretaciones de sus autores; dijo no necesitar un monolito parlante y dejó la caja cerrada desde entonces.

Kojima descubrió 2001 en tercero de secundaria, en 1978, al comprar por Star Wars un mook que también incluía imágenes, diagramas e entrevistas sobre la película de Kubrick. Como lector de SF dura que soñaba con ser astronauta, se sintió más atraído por ella que por la ópera espacial; mientras esperaba una reposición leyó la novela y oyó una adaptación radiofónica, y tuvo la fortuna de verla por primera vez en Cinerama en Osaka. Desde entonces acudía a la gran pantalla en cada reestreno.

Preguntado por GQ, Kojima nombró como sus cuatro películas favoritas 2001: Una odisea del espacio, Taxi Driver, Mad Max 2 y El infierno del odio (High and Low), aunque aclaró que su top cambia constantemente.

En 2009, Kojima escribió que, si pudiera cumplir un solo deseo, elegiría ir al espacio antes de morir. Le bastaría una órbita breve fuera de la atmósfera y afirmó que, para conseguirlo, renunciaría incluso a su posición como diseñador de videojuegos, a su familia o a su propia vida.