De niño, inspirado por el relato The Lemon de Motojiro Kajii, Kojima llevaba limones de California a lugares que no le gustaban y los dejaba allí. En su imaginación eran granadas perfectas: podía transportarlas y activarlas solo él para volar el mundo cuando quisiera.
De niño, a Kojima le gustaba estar en la escuela cuando llovía. La cortina del mal tiempo aislaba el edificio, pero bajo los fluorescentes y rodeado de profesores y amigos no sentía soledad: imaginaba la escuela como una nave espacial en la oscuridad. Con los tifones fantaseaba que solo los niños de su curso iban a la deriva y podían crear un mundo y unas reglas propios, fuera del mundo preparado por los adultos.
«Se convirtió en un hábito que aún conservo... Me inventaba historias porque pasaba muchísimo tiempo solo.»
Como niño de padres trabajadores, Kojima llevaba la llave de casa colgada al cuello con un cordón, como una placa militar; le molestaba al dar volteretas en la barra, pero la usaba a todas horas. Nadie lo recogía aunque lloviera, hubiera tifón o estuviese enfermo: abría la casa vacía, encendía luces y climatización y, algunas veces, lloraba ante el tocador de su madre o vagaba por la calle para retrasar el regreso.
Newsweek contó en 2001 que Kojima, de niño, jugaba en la calle con sus amigos a juegos como el de ladrones y detectives —el equivalente japonés del escondite—, pegándose a las paredes y asomándose por las esquinas igual que hace Solid Snake.
Kojima describió a su padre como químico dedicado al desarrollo de medicamentos y, a la vez, asalariado que soportaba trenes abarrotados, conflictos laborales y cansancio para comprar una casa suburbana. En aquel pueblo nuevo, sin historia compartida, familias y niños se medían por estudios y cargos como en un juego de cartas; Kojima se rebeló eligiendo el joven negocio del videojuego, donde creía que no hacían falta títulos y solo importaba la capacidad personal.