Kojima describió a su padre como químico dedicado al desarrollo de…

«Hubo una época, antes de que muriera mi padre, en la que pensé en hacerme artista, pero mi padre murió de repente cuando yo tenía trece años. Mi familia estaba llena de artistas, ¿sabes?, y no habían podido vivir de ello.»

«La verdad es que, como mi padre murió, pude entrar en la industria del videojuego... Si mi padre hubiera estado vivo, se habría opuesto. Era un hombre que daba mucho miedo.»

«Mi madre fue la única que, por alguna razón, no se opuso. «Si quieres dedicarte a ello, me parece bien».»

Para Kojima, la forma primaria de una familia era una unidad de cuatro: sus padres, su hermano dos años mayor y él. Tras varias mudanzas desde Tokio hacia Kansai, los padres construyeron en 1970 una casa en una urbanización nueva de Hyogo, lejos de abuelos y parientes; el padre la presentaba como el lugar donde ellos empezaban y desde el que sus hijos también podían hacerlo. No tuvieron el perro típico de aquel ideal suburbano por el asma de la madre.

«Nosotros somos como la gente que hacía sus propias películas antes de triunfar en Hollywood. Creo que tenemos las habilidades necesarias para hacer lo que queramos, donde queramos y con el presupuesto que sea. De ahí viene mi orgullo, o mi confianza.»