Su padre era empleado de una empresa farmacéutica y un cinéfilo obsesivo: desde que Hideo era pequeño le ponía películas de todo tipo y se las explicaba. La familia se trasladó a la región de Kansai por un traslado laboral del padre.
«1963年に東京で生まれ、製薬会社で働く父親の転勤で関西に移り住んだ。映画マニアだった父親は、秀夫が幼いころからさまざまな映画を見せて解説をしたという。»
Para Kojima, la forma primaria de una familia era una unidad de cuatro: sus padres, su hermano dos años mayor y él. Tras varias mudanzas desde Tokio hacia Kansai, los padres construyeron en 1970 una casa en una urbanización nueva de Hyogo, lejos de abuelos y parientes; el padre la presentaba como el lugar donde ellos empezaban y desde el que sus hijos también podían hacerlo. No tuvieron el perro típico de aquel ideal suburbano por el asma de la madre.
«Fue en aquella época cuando mis padres introdujeron una tradición familiar: cada noche veíamos todos una película juntos. No me dejaban irme a la cama hasta que la película terminaba: lo contrario de lo que ocurre con la mayoría de los niños.»
Kojima describió a su padre como químico dedicado al desarrollo de medicamentos y, a la vez, asalariado que soportaba trenes abarrotados, conflictos laborales y cansancio para comprar una casa suburbana. En aquel pueblo nuevo, sin historia compartida, familias y niños se medían por estudios y cargos como en un juego de cartas; Kojima se rebeló eligiendo el joven negocio del videojuego, donde creía que no hacían falta títulos y solo importaba la capacidad personal.
A los 43 años, Kojima ordenó sus tres nutrientes culturales vitales así: cine, música y novelas. Su padre amante del cine le hizo absorber películas desde que formaba recuerdos y la música llegó con ellas; en cambio, aunque la casa familiar estaba llena de libros de todos y sus padres dejaban clásicos infantiles sobre su mesa para tentarlo, él no leía ni al final de primaria.
En 2001, Kojima fue por capricho con su hijo pequeño a ver The Adult Empire Strikes Back y quedó enganchado a la familia Nohara de Shin Chan, cuya capacidad de unirse en una crisis le parecía un nuevo modelo japonés. Tras nacer su segundo hijo, su propia familia pasó de tres a cuatro, pero confesó que aún no era el padre ideal: quizá alcanzaba al adicto al trabajo Hiroshi, mientras Charles Ingalls seguía fuera de su alcance; quería que sus hijos pudieran inspirarse en la familia real y no en ídolos televisivos.