Siendo estudiante de secundaria, su padre se desplomó de repente y murió delante de él. Por motivos económicos renunció a su sueño de ser novelista o director de cine y, al graduarse en la universidad en 1986, entró en Konami.
«中学生のときに、父が目の前で突然倒れて亡くなった。経済的な理由で小説家や映画監督を目指す夢を諦め、大学を卒業した1986年にコナミに入社。»
«Hubo una época, antes de que muriera mi padre, en la que pensé en hacerme artista, pero mi padre murió de repente cuando yo tenía trece años. Mi familia estaba llena de artistas, ¿sabes?, y no habían podido vivir de ello.»
«Esos juegos tenían sus propios mundos e historias. Sentí en ellos una cierta cualidad autoral.»
«La verdad es que, como mi padre murió, pude entrar en la industria del videojuego... Si mi padre hubiera estado vivo, se habría opuesto. Era un hombre que daba mucho miedo.»
Kojima describió a su padre como químico dedicado al desarrollo de medicamentos y, a la vez, asalariado que soportaba trenes abarrotados, conflictos laborales y cansancio para comprar una casa suburbana. En aquel pueblo nuevo, sin historia compartida, familias y niños se medían por estudios y cargos como en un juego de cartas; Kojima se rebeló eligiendo el joven negocio del videojuego, donde creía que no hacían falta títulos y solo importaba la capacidad personal.
«Desde la secundaria más o menos, durante muchísimo tiempo, había querido hacer películas.»