Según el perfil que le dedicó Newsweek en 2001, Kojima escribió en secundaria cinco novelas de ciencia ficción de seiscientas páginas cada una.
«In middle school he wrote five 600-page science-fiction novels»
Kojima situó su despertar a la lectura en quinto curso, cuando se volcó en novelas de misterio de distintas partes del mundo. Continuó con ellas durante sexto y, al terminar la escuela primaria, pasó a la ciencia ficción, que describió como su compañera hasta la universidad; de ese periodo apenas recuerda consumir otra cosa.
Kojima situó el comienzo de su escritura narrativa deliberada en secundaria, cuando un profesor pidió convertir unas líneas de kanbun al japonés moderno y expandirlas como relato. Las reinterpretó en unas diez páginas, recibió un elogio especial delante de la clase y dejó de limitarse a documentar argumentos como si fueran sinopsis de cine para intentar escribir narraciones reales.
En una charla en la USC en 2011, Kojima contó que empezó a escribir de joven y que uno de sus primeros textos fue un relato largo titulado «Survival Battle», en cuyo mundo todos peleaban al cumplir catorce años y ganaban tiempo de vida por cada victoria.
Cuando leía casi exclusivamente ciencia ficción, Kojima guardaba rencor al mundo, pensaba que una sociedad así merecía ser destruida y prefería libros de apocalipsis. Al enfrentarse a la realidad cambió de lectura: concluyó que la SF no era una herramienta de evasión, sino un medio para enviar advertencias a través de fronteras nacionales y generacionales hacia el futuro.
Según Newsweek, Kojima se metió a hacer cine cuando un amigo llevó al colegio una cámara Super 8, y cobraba cincuenta yenes a los niños del barrio por ver sus películas.