Además de Metal Gear, en Konami Kojima produjo o supervisó otros juegos: fue productor de Zone of the Enders (2001) y de Boktai (2003), productor ejecutivo de Castlevania: Lords of Shadow (2010) y director supervisor de Metal Gear Rising: Revengeance (2013).
«Zone of the Enders (2001): Producer»; «Boktai (2003): Producer and designer»; «Castlevania: Lords of Shadow (2010): Executive producer»; «Metal Gear Rising: Revengeance (2013): Supervising director».
Los videojuegos que Kojima ha creado y dirigido son Metal Gear (1987), Snatcher (1988), Metal Gear 2: Solid Snake (1990), Policenauts (1994), Metal Gear Solid (1998), MGS2 (2001), MGS3 (2004), MGS4 (2008), Peace Walker (2010), Metal Gear Solid V (2014-2015), P.T. (2014), Death Stranding (2019) y Death Stranding 2 (2025); en desarrollo tiene OD y Physint. Además ha producido o supervisado otros videojuegos como Zone of the Enders, la serie Boktai, Castlevania: Lords of Shadow y Metal Gear Rising.
Kojima es diseñador, guionista, director y productor de videojuegos, conocido sobre todo por la saga Metal Gear y por Death Stranding; dirige su propio estudio independiente, Kojima Productions.
Los primeros juegos que dirigió Kojima fueron para MSX y ordenadores: Metal Gear (1987), su debut como director, con el que estableció el género del sigilo; Snatcher (1988), una aventura gráfica de estilo cinematográfico inspirada en películas como Blade Runner; Metal Gear 2: Solid Snake (1990); y Policenauts (1994), otra aventura gráfica que diseñó, escribió y dirigió.
Kojima pasó casi tres décadas en Konami, desde 1986. En 2015, en una ruptura agria, Konami retiró su nombre del material de marketing de Metal Gear Solid V; en The Game Awards de diciembre de 2015 el juego ganó premios pero Kojima no asistió, al parecer porque Konami se lo impidió; ese mismo mes reconstituyó Kojima Productions como estudio independiente, asociado con Sony. Silent Hills se había cancelado en abril de 2015.
«En un principio quería pasar la serie a la gente más joven y dejar que la continuaran. Y así lo hicimos, y de ahí salió Metal Gear Rising: Revengeance. Pero después de Rising vimos que los juegos numerados les pesaban demasiado. Por eso decidí volver y hacerlos yo mismo.»