Los primeros juegos que dirigió Kojima fueron para MSX y ordenadores: Metal Gear (1987), su debut como director, con el que estableció el género del sigilo; Snatcher (1988), una aventura gráfica de estilo cinematográfico inspirada en películas como Blade Runner; Metal Gear 2: Solid Snake (1990); y Policenauts (1994), otra aventura gráfica que diseñó, escribió y dirigió.
«Metal Gear (1987): Kojima's directorial debut… established the stealth game genre»; «Snatcher (1988): A graphic adventure… cinematic presentation inspired by films like Blade Runner»; «Metal Gear 2: Solid Snake (1990)»; «Policenauts (1994)».